故事发生在孝宗年间，锦衣卫兰海平撞破了奸妃狸猫换太子的诡计，他带走了刚刚出生的小公主，并且顺手盗走了宫中珍藏的归元秘笈。兰海平带着妻女和小公主隐居在括苍山上，苦心钻研秘籍，他给小公主取名白云飞（麦丽虹 饰）。
　　一次意外中，马君武（邓浩光 饰）结识了苏飞凤（翁虹 饰）与曹雄（林祖辉 饰），苏飞凤被马君武的英俊和正直所吸引，芳心暗许。一直觊觎苏飞凤美貌的曹雄将她的心思看在眼里，心中很是愤怒。失传已久的归元秘籍重现江湖的消息在武林中掀起了轩然大波，而这阴谋背后的主使者就是当年被兰海平打落山崖的林天独，他早已经练就了一身走火入魔的武功，只想要大开杀戒，称霸武林。

　　本剧是1987～1992年香港亚洲电视公司根据正史与民间野史编写的剧集，动员了亚洲电视台的大部份艺员参与拍摄。该剧不但在香港造成了收视热潮，也在香港以外的地区受到相当程度的欢迎。剧名《满清十三皇朝》，源自民国八年（1919年）由“燕北老人”所著《满清十三皇朝秘史》。二者描写的俱为努尔哈赤建立的后金国与清朝共十二位皇帝。（包含十一代，同治帝和光绪帝为堂兄弟）。燕北老人因为皇太极（清太宗）将国号由“金”改“清”，年号亦由天聪改为崇德，算两个皇朝。故称之为“满清十三皇朝”。